Uzak gelecek, 5012. Dünyanın < Uzaylılar > tarafından beklenmedik istilası ve onların yapımı olan < Makine Yaşambiçimleri > insanlık neslini tükenişin eşiğine getirmiştir. Hayatta kalan insanlar mülteci olarak Ay'a gitmiş ve karşı saldırı için < Android > kullanmayı planlamaktadırlar. Ancak savaş, < Makine Yaşambiçimleri > 'nin sonsuz çoğalması yüzünden bir çıkmaza girmiştir. Buna karşın insanlar yeni bir android askeri üretmişlerdir. Bu nihai silah < YoRHa > 'dır. Dünya'ya yeni gönderilen <2B>, şu an orada görev yapan <9S>'ye katılır. Görevleri sırasında sayısız bilinmeyen hadise ile karşılaşırlar. Bu, cansız < Androidlerin > ve onların insan ırkı için verdiği bitmez tükenmez mücadelenin hikayesidir.