Shogun, Japon imparatorluk imparatorundan sonra ikinci en güçlü figür olan ve ülkeyi gerçekte yöneten kişi olan Shogun'un hikayesini anlatıyor. Dizi, Batı'nın Japonya'daki seyrek konumunu gizleyerek, siyasi entrikalar, iktidar mücadeleleri ve aşk üçgenleri üzerinden Japon tarihindeki bu çalkantılı döneme ışık tutuyor. John Blackthorne adlı bir İngiliz denizinin gözünden Japonya'nın 1600'lü yıllardaki samuray dünyasına büyüleyici bir bakış sunuyor.