Fakat Müzeyyen Bu Derin Bir Tutku, henüz tanınmamış bir yazar olan Arif'in hayatındaki kadınlar hakkındaki düşüncelerini ve anlayışını sorgulamasını konu ediniyor. Arif, Müzeyyen ile karşılaşınca hayatı değişmeye başlar. Arif, kadınların sürekli kendisinden bir şeyler beklediğinden şikayet ederken, Müzeyyen onunla farklı bir ilişki kurar. Müzeyyen, kendi hayatını kurmuş, özgür bir kadındır ve Arif'in hayatına gizemli bir dokunuş yapar. Arif'in gizemli ve tutkulu dünyasını keşfederken, kendi kitabını bitirmeye çalışmaktadır. Müzeyyen ise ona yaşamın acı gerçeklerini ve aradığı cevapları sunar. Filmin sonunda, her ikisi de hayatlarında yeni birer yön bulurlar.